Al iniciar, el paciente es anestesiado para evitar cualquier dolor o molestia. Una vez que el paciente está dormido, el especialista introduce un endoscopio por el canal anal y comienza la exploración en colon descendente, seguido del colon transversal y el colon descendente. Posteriormente, la exploración continúa hacia el apéndice y, dependiendo de la razón de la endoscopía, se explora también la última porción del intestino delgado. Durante el proceso, el especialista puede tomar biopsias para su análisis de laboratorio o remover tejidos anormales que pudieran generar molestias o ser la causa de la enfermedad.

Al finalizar, el especialista retira el endoscopio y se despierta al paciente, el cual podría estar un poco desorientado por la anestesia. Después de responder algunas preguntas para verificar que esté consciente, el paciente pasa a una sala de recueración donde el especialista puede darle un resumen de los resultados de la exploración. Una vez pasado el efecto de la anestesia, el paciente puede retirarse de inmediato.